Uluslararası eleştirilere rağmen mahkeme Cumhuriyet gazetesi çalışanlarını suçlu buldu. Aralarında genel yayın yönetmeni Akın Atalay ve Murat Sabuncu’nun da bulunduğu gazete çalışanları "terör örgütüne üye olmamakla birlikte bilerek ve isteyerek yardım etme" suçundan hapis cezasına çarptırıldı.

En yüksek hapis cezasına çarptırılan Cumhuriyet Vakfı İcra Kurulu Başkanı Akın Atalay’a 7 yıl, 13 ay, 15 gün;  Genel Yayın Yönetmeni Murat Sabuncu, yazar Aydın Engin ve muhabir Ahmet Şık’a 7 yıl 6 ay hapis cezası verildi.

Cumhuriyet Gazetesi yazar ve çalışanlarına hapis cezası verilmesi Avrupa'da tepkiyle karşılandı. Karar gazetecilerin susturulmasına yönelik politik motifli olmakla eleştirildi.

Avrupa Parlamentosu Türkiye raportörü Kati Piri, Cumhuriyet Gazetesi yönetici, yazar ve çalışanlarına yönelik hapis cezası kararına Twitter üzerinden tepki gösterdi. Hollandalı parlamenter "Cumhuriyet kararında adaletin hiçbir izi yok. Türkiye'nin en eski gazetesinin 15 gazetecisi ve çalışanı gülünç bir terörizm suçlamasıyla hüküm giydi" dedi.

Cumhuriyet Gazetesi çalışanlarına yönelik kararı kınayan Uluslararası Basın Enstitüsü (IPI) ise “suçlamaların siyasi olduğu ve Türkiye'nin kalan birkaç bağımsız gazetesinden biri olan Cumhuriyet'i susturmaya yönelik olduğu" ifadesini kullanıldı.

Cumhuriyet gazetesine Milli İstihbarat Teşkilatı MİT tarafından Suriye'deki İslamcı milislere gönderilen silah sevkiyatını yayınladığı için dava açılmıştı.